Esta etapa de vio con el conflicto entre los hermanos Huacar y Atahualpa, estos pretendían ocupar el trono del inca Huayna Capac. 

HUASCAR: fue el duodécimo emperador inca, uno de los doscientos hijos de sangre de Huayna Cápac y uno de los terceros con acceso al trono.Las versiones oficiales dicen que Huayna Cápac y su nombrado sucesor (Ninan Cuyuchi) fallecieron en 1527 de viruela, cuya epidemia empezaba a brotar por el Norte del imperio producto de la llegada de los conquistadores españoles. Ante este hecho, escoger al nuevo Sapa Inca se hacía difícil.Finalmente se decidieron por Huáscar pues éste había sido nombrado como incap rantin (vicegobernador) de Cusco por el mismo Huayna Cápac.Muchos pretendieron el trono, entre ellos su hermano Atahualpa quien terminaría quitándoselo en 1532 y posteriormente acabando con su vida.

 

ATAHUALPA: fue el decimotercer gobernante Inca, y aunque tuvo sucesores nombrados por los españoles es considerado como el último emperador inca. Nació en 1497 en Cusco. Vivió en Quito más de 10 años junto a su padre Huayna Cápac, su madre fue la princesa quiteña Pacha, su hermano Ninan Cuyuchi, y el ejército imperial (con sus más influyentes generales). Cuando Huascar se coronó en Cusco como emperador le causaba mucha preocupación la simpatía de su hermano con el ejército, motivo por el cual le ordenó que se presentara en Cusco. Atahualpa, convencido por sus generales de que si iba lo matarían, decidió organizar un ejército norteño. De esta manera se dio inicio a la famosa guerra civil inca